L’IES Capdepera va ser fundat l’any 1997, a causa de la quantitat de població que hi havia a Capdepera i que exigia tenir un institut de secundària.
L’IES Capdepera actualment compta amb uns quasi 600 alumnes i un equip de professorat d’uns 80 docents.
L’any 2011 es va ampliar l’edifici amb una nova ala al centre, perquè havia quedat petit. Va ser inaugurat el 9 de març de 2011.
La directora actual és Jerònima Morey Matamalas.
